據(jù)《藥師琉璃光如來本愿功德經(jīng)》記載，藥師佛在因地修行菩薩道時，曾發(fā)十二大愿，愿為眾生解除疾苦，使具足諸根，趨入解脫，故依此愿而成佛，住凈琉璃世界，其國土莊嚴(yán)如極樂國。

　　《藥師十二大愿贊偈》：十二大愿，饒益有情，密咒加持德難名，禮念愿圓成，怨業(yè)冰清，壽永福慧宏。

第一大愿：相好如我愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數(shù)無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴(yán)其身；令一切有情，如我無異。

　　解讀：在其來生得無上正等正覺時，使身體充滿光明，莊嚴(yán)美好，而且使眾生也如同自己一樣。

第二大愿：身光利他愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，身如琉璃，內(nèi)外明徹，凈無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網(wǎng)莊嚴(yán)過于日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業(yè)。

　　解讀：在其來生覺悟時，身體明凈，功德無量，使眾生得到開示，能夠隨心所欲。

第三大愿：資生無盡愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。

　　解讀：在其來生覺悟時，具有佛教無量的智慧和方便，使眾生得到無窮無盡的可使用的物品。

第四大愿：安住菩提愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，若諸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。

　　解讀：在其來生覺悟時，使眾生中有錯誤觀念的人都得到覺悟；使佛教中持小乘思想的人都趨入大乘。

第五大愿：戒行清靜愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，若有無量無邊有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設(shè)有毀犯，聞我名已，還得清凈，不墮惡趣。

　　解讀：在其來生覺悟時，如果眾多有情皈依佛教修梵行時，都能守戒。如果犯了戒，一旦聽到藥師如來之名，就能得到清凈，免于墮入惡道。

第六大愿：諸根完具愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，丑陋頑愚，盲聾喑啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦。聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。

　　解讀：在其來生覺悟時，使那些身有殘疾，形態(tài)丑陋，有諸病苦的人，聞我名已，都能身體健康，形態(tài)端莊，消除種種疾苦。

第七大愿：安康樂道愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫(yī)無藥，無親無家，貧窮多苦。我之名號一經(jīng)其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬、資具悉皆豐足，乃至證得無上菩提。

　　解讀：在其來生覺悟時，使那些貧病交迫，窮困潦倒，無家可歸者，能夠在聽了藥師如來的名號之后，可以病痛消除，有家有財，身心安樂，獲得無上的覺悟。

第八大愿：轉(zhuǎn)女成男愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，愿舍女身。聞我名已，一切皆得轉(zhuǎn)女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。

　　解讀：在其來生覺悟時，那些為女人百惡所逼迫煩惱而不想再作女人者，一聽到我的名號，轉(zhuǎn)變成男人，并獲得無上覺悟。

第九大愿：改邪歸正愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，令諸有情，出魔罥網(wǎng)，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當(dāng)引攝置于正見，漸令修習(xí)諸菩薩行，速證無上正等菩提。

　　解讀：在其來生覺悟時，使那些墮入魔鬼之網(wǎng)和外道邪見的眾生，都能獲得解脫，接受正見，修菩薩行，達到最高的覺悟。

第十大愿：免難消災(zāi)愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當(dāng)刑戮，及余無量災(zāi)難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。

　　解讀：在其來世覺悟時，使那些在世俗社會中犯了王法而身陷牢獄，面臨刑罰的人，一聽到藥師如來的名號時，可以擺脫這些災(zāi)難痛苦。

第十一大愿：得妙飲食愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業(yè)。得聞我名，專念受持，我當(dāng)先以上妙飲食飽足其身，后以法味畢竟安樂而建立之。

　　解讀：在其來生覺悟時，使那些為饑渴逼迫而造惡業(yè)者，聽聞藥師如來的名號，得以食飲飽餐，并賦予佛教妙法，使其獲得安樂。

第十二大愿：得妙衣具愿

　　經(jīng)文原文：愿我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱。若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴(yán)具、華鬘、涂香、鼓樂、眾伎，隨心所玩，皆令滿足。

　　解讀：在其來生覺悟時，使那些因貧困無衣而受苦者，聞聽藥師如來名號，獲得各種上好的衣服以及種種裝飾物和娛樂物品，滿足人的種種愿望。